Obowiązek rozliczenia pracownika, który porzucił pracę w trakcie okresu rozliczeniowego

W naszej firmie istnieje 3-miesięczny okres rozliczeniowy. Zdarza się, że w trakcie tego okresu pracownik porzuca pracę lub rozwiązuje umowę. Jak należy poprawnie wyliczyć wynagrodzenie w przypadku, kiedy z wyliczenia godzin z harmonogramu pracownika na moment rozwiązania stosunku pracy wynika, że powstały nadgodziny? Nie wystąpiłby one, gdyby rozliczyć czas pracy w całym okresie rozliczeniowym. Czy w takiej sytuacji należy wypłacić nadgodziny? Dodam, że jesteśmy zakładem pracy chronionej i zatrudniamy osoby niepełnosprawne.